Bis zu seinem Tod 1971 konnte Andreas Rottendorf seinen langgehegten Wunsch, sein Lebenswerk in eine gemeinnützige „Rottendorf-Stiftung“ umzuwandeln, nicht mehr realisieren. Es blieb seiner Ehefrau Rose vorbehalten, diese Idee im Andenken an die humanen Lebensziele ihres Mannes zu verwirklichen. In diesem Sinn fördert die Stiftung kirchliche und mildtätige Zwecke, Forschungen im Bereich der Pharmakologie und Pharmazie, die Pflege der niederdeutschen Sprache und die wissenschaftliche Erforschung des Niederdeutschen.

Noch zu Lebzeiten rief Andreas Rottendorf einen „Rottendorf-Preis“ ins Leben. Er wird seit 1963 von der Rottendorf-Stiftung verliehen. Ausgezeichnet werden im jährlichen Wechsel herausragende Leistungen im Bereich der niederdeutschen Literatur und der Pharmazie und Pharmakologie.
Die ersten drei Preisträger im Bereich der niederdeutschen Literatur bestimmte Andreas Rottendorf noch selbst: Der Preis ging 1963 an die Arbeitsgemeinschaft Michaelis-Treffen, Lippinghausen, eine plattdeutsche Laienspielschar, 1965 an den Erforscher niederdeutschen Liedguts, Pater Dr. Gregor Schwake, und 1967 an den Volkskundler Anton Hilckmann, der sich publizistisch für den Erhalt niederdeutscher Dialekte eingesetzt hatte. Seit 1969 wirkt der Westfälische Heimatbund bei der Auswahl der Preisträger und Preisträgerinnen mit. Die Vergabe des Preises beschließen Kuratorium und Vorstand der Rottendorf-Stiftung. Die Verleihung findet auf dem Kulturgut Nottbeck in Oelde-Stromberg statt.